Klimaxen: X-Men, tillsammans med sina allierade, konfronterar Sebastian Shaw och hans team av mutantskurkar i en sista uppgörelse ombord på en atomubåt. Erik Lehnsherr (Magneto) söker till en början hämnd för grymheterna som begåtts mot mutanter och hotar att använda ubåtens kärnvapenmissiler för att förstöra världen.
Vändpunkten: Charles Xavier (professor X) ingriper, vädjar till Eriks mänsklighet och påminner honom om att deras sanna mål är att skydda mutanter, inte förstöra mänskligheten. Detta ögonblick av anslutning mellan de två vännerna vänder striden.
Segern: X-Men, med hjälp av Moira MacTaggert, lyckas avväpna missilerna och besegra Shaw och hans team.
Det bitterljuva slutet: Medan de har säkrat en tillfällig seger, slutar filmen på en melankolisk ton:
* Eriks svek: Erik, trots att han påverkas av Charles ord, känner sig fortfarande djupt sårad av förföljelsen av mutanter och går iväg för att börja sin egen väg, vilket tyder på en potentiell framtida konflikt med Charles och X-Men.
* Charles skuld: Charles är hjärtkrossad av Eriks avgång och bär bördan av sin egen skuld över tragedin med Kubakrisen, som han omedvetet hjälpte till att avvärja, men till priset av tusentals liv.
* En ny era börjar: Filmen slutar med bildandet av X-Men som ett team dedikerat till att skydda både människor och mutanter, men med en känsla av osäkerhet om framtiden och det potentiella hot som Erik Lehnsherrs växande förbittring utgör.
Slutet lämnar en kvardröjande fråga: Kommer Erik och Charles att stanna kvar på motsatta sidor, eller kommer de att hitta ett sätt att överbrygga sina meningsskiljaktigheter? Denna fråga sätter scenen för framtiden för X-Men-serien.