Under kriget bevittnade Yahiko, Nagato och Konan krigets fasor och bestämde sig för att de en dag skulle skapa en värld utan krig och smärta. De bildade Akatsuki, en organisation dedikerad till att uppnå fred med alla nödvändiga medel.
Från början var Akatsuki en liten organisation som fokuserade på att hjälpa små byar och länder som hade drabbats av krig. Men när organisationen växte i makt och inflytande började den locka uppmärksamheten från de större shinobibyarna. Byarna började se Akatsuki som ett hot, och de började vidta åtgärder mot organisationen.
Som ett resultat av trycket från byarna började Akatsuki förändras. Det blev mer militariserat, och det började fokusera på att få makt snarare än att uppnå fred. Organisationen började rekrytera kriminella i S-rankningen och den blev alltmer hänsynslös i sina metoder.
Så småningom besegrades Akatsuki av Naruto Uzumaki och hans vänner, och dess medlemmar var utspridda över hela världen. Arvet från Akatsuki fortsätter dock att leva vidare, och det är fortfarande en symbol för farorna med extremism.