Genom hela låten reflekterar Vedder över sin relation med sin mamma och uttrycker skuldkänslor och ånger. Han överväger tanken på att "hålla fast" vid hennes minne och den inverkan hennes död har lämnat på hans liv. Texterna berör också teman om förlösning och sökandet efter andlig vägledning i sorgens tider.
Låten är också en reflektion över de komplexa känslor som kommer med att förlora en förälder, inklusive ilska, sorg och en längtan efter det förflutna. Refrängen betonar tanken på förlåtelse och att finna frid, som Vedder sjunger, "Jag är en lycklig man som kan räkna på båda händerna de jag älskar."
"Daughter" är en djupt personlig och gripande sång som talar till den universella upplevelsen av förlust och sorg. Den tjänar som en påminnelse om den djupa inverkan som en älskads död kan ha på våra liv, och uppmuntrar oss att finna tröst i de minnen vi håller kära.