Den vanligaste just intonationsstämningen kallas Pythagoras stämning. I pytagoreisk stämning delas oktaven (intervallet mellan två toner som låter dubbelt så högt eller så lågt som varandra) i 12 lika steg. Vart och ett av dessa steg kallas en halvton.
Följande tabell visar intervallen mellan tonerna i den kromatiska skalan i pythagoras stämning, uttryckt som förhållandet mellan frekvenser:
* C:1/1
* C♯:256/243
* D:9/8
* D♯:32/27
* E:5/4
* F:4/3
* F♯:45/32
* G:3/2
* G♯:512/343
* S:5/3
* A♯:6/5
* B:15/8
Som du kan se i tabellen är intervallen mellan vissa toner i Pythagoras stämning inte exakt lika. Till exempel är intervallet mellan C och C♯ (kallad halvton) mindre än intervallet mellan D och D♯ (kallas även halvton). Detta beror på att intervallen i Pythagoras stämning baseras på förhållandena mellan små heltal snarare än på lika intervall.
De ojämna intervallen av just intonation kan skapa ett mer komplext och intressant ljud än de lika intervallen av jämnt temperament. Men just intonation kan också vara svårare att spela i ton, eftersom det kräver att musiker justerar tonhöjden på sina toner något för att matcha intervallerna.