Fagotten är ett träblåsinstrument med dubbelrör, medan flöjten är ett träblåsinstrument som spelas genom att blåsa luft över ett hål. Den embouchure (läppplacering) och luftström som krävs för att spela fagott skiljer sig ganska mycket från dem som krävs för att spela flöjt, så att lära sig spela fagott blir inte lättare för någon som redan har lärt sig att spela flöjt. I själva verket kan det till och med vara svårare, eftersom fagotten generellt anses vara ett mer utmanande instrument att lära sig än flöjt.