Flöjten har även ett nyckelsystem som gör att spelaren enkelt och snabbt kan öppna och stänga tonhålen. Detta nyckelsystem består av en serie spakar och stänger som är kopplade till tonhålen. När en tangent trycks ned öppnar den motsvarande tonhål och när en tangent släpps stänger den motsvarande tonhål.
Genom att variera längden på luftpelaren och öppna och stänga tonhålen kan flöjtisten producera ett brett utbud av toner. Den lägsta tonen som en flöjt kan producera är C under mitten C, och den högsta tonen som en flöjt kan producera är C tre oktaver över mitt C.