När spionerna försöker överlista varandra möter de komiska hinder som förvandlar deras spionkonst till ett sidoprogram av slapstick-komedi. Black Spy trasslar in sig i en gigantisk jojo, medan White Spy blir förföljd av en svärm av gummikycklingar. Öns flora och fauna ansluter sig till galenskapen, med talande papegojor som hånar spionernas varje rörelse och busiga apor som stjäl deras hemliga planer.
Mitt i det eskalerande kaoset snubblar de två spionerna på ett gömt underjordiskt laboratorium där de upptäcker hjärnan bakom deras oändliga rivalitet:en busig MAD-forskare vid namn Professor Wacko. Det visar sig att Wacko har orkestrerat Spy vs Spy-uppdragen för sin egen nöje, med hjälp av fjärrstyrda förklädnader och trickprylar för att få spionerna att jaga skuggor.
I en klimatscen som trotsar logik och förnuft slår Black Spy och White Spy ihop sig mot professor Wacko och engagerar sig i en galen strid som involverar vaniljsåspajer, exploderande cigarrer och ett gigantiskt gummiband. Till slut blir spionerna och vetenskapsmannen intrasslade i en invecklad vändning av händelser som gör dem alla yr och grundligt besegrade.
När ridån faller för Spy vs Spy-äventyret befinner sig agenterna tillbaka i sina respektive högkvarter och undrar om deras senaste eskapad bara var en vild hallucination. Med sina karaktäristiska flin rycker de på axlarna och gör sig redo för sitt nästa uppdrag, med vetskapen om att Spy vs Spy-världen alltid kommer att vara fylld av galna överraskningar och oförutsägbara vändningar.