Bethge föddes i Barmen, Tyskland, 1909. Han studerade teologi vid universiteten i Bonn och Berlin. Efter examen tjänstgjorde han som biträdande pastor i en kyrka i Berlin. 1935 utnämndes han till sekreterare åt Dietrich Bonhoeffer, som då var pastor vid Friedenskirche i Berlin-Dahlem.
Bethge arbetade med Bonhoeffer fram till 1944, då Bonhoeffer arresterades av Gestapo. Bethge greps också, men han släpptes senare. Efter kriget arbetade Bethge som teolog och författare. Han var författare till flera böcker om Bonhoeffer och hans teologi.
1972 mottog Bethge tillsammans med två av Bonhoeffers andra tidigare sekreterare av Nobels fredspris. Priset delades ut för spridningen av Bonhoeffers samlade verk.
Bethge dog i Berlin 2000. Han blev 91 år gammal.