Johann Pachelbel föddes den 1 september 1653 i Nürnberg. Inte mycket är känt om hans barndom och utbildning, förutom att han studerade musik under kompositören Heinrich Schwemmer, Kapellmeister vid St. Sebaldusskolan. 1673 skrev han sig in vid universitetet i Altdorf för att studera teologi, men året därpå accepterade han sitt första jobb, som organist i Stefansdomen i sin hemstad.
När Schwemmer dog 1692 var Pachelbels rykte som musiker fast etablerat och han tog sin före detta lärares plats som kapellmästare vid St. Sebaldus, även anklagad för utbildningen av körpojkarna från skolan intill. Tre år senare publicerade han den första av åtta volymer av heliga körverk, Musikalische Sterbens-Gedancken, som skulle bli den enda tryckta musiken i hans livstid. Det var också i år som Pachelbel gifte sig med Barbara Gabler, dotter till Nürnbergs vinhandlare Christoph Gabler.
År 1695, bara månader efter att han blivit far för första gången, blev Pachelbel plötsligt avskedad från St. Sebaldus och lämnade Nürnberg. Ingen information finns kvar om skälen till hans abrupta uppsägning, men det var en traumatisk upplevelse för Pachelbel, eftersom han aldrig bosatte sig i en fast tjänst under resten av sin karriär.
Efter flera stopp stabiliserades Pachelbels liv 1699, då han fick den prestigefyllda posten som organist och lärare vid Predigerkirche (predikantkyrkan) i Erfurt, där han skulle stanna de kommande elva åren. Där fullgjorde han inte bara plikterna för sin post, han deltog också aktivt i att organisera och framföra sekulär musik.
År 1703 födde Pachelbels hustru Barbara det sista och största av deras sju barn, Wilhelm Hieronymus, som följde i sin fars musikaliska fotspår och blev en framstående organist och kompositör. När hertigen av Sachsen-Eisenach dog 1707 ombads Pachelbel att komponera en minneskantat för tillfället, som framfördes första gången den 15 augusti 1707.
År 1704 dog plötsligt Pachelbels fru och lämnade honom med sju små barn att ta hand om. Pachelbels karriär nådde sin höjdpunkt under 1700-talet, men 1705 hade hans liv tagit en oväntad och olycklig vändning när hans dotter Catharina Barbara födde en oäkta son. Catharina Barbara tvingades lämna hemmet och blev tjänare i hertigen av Sachsen-Eisenachs hushåll. Trots denna incident förblev Pachelbel på god fot med hertigen, som gav honom en årlig pension som kompletterade organistens inkomst.
Några år senare accepterade Pachelbel en ny tjänst som organist vid St. Mikaelskyrkan i Hamburg. Han hade knappast tillträtt sina nya plikter, när han dog i en stroke i mars 1706, vid en ålder av femtiotvå, några dagar före sin ettårsjubileum som organist vid S:t Mikaelskyrkan.
Idag är Johann Pachelbel främst känd för sina orgelverk, särskilt koralpreludiet på "Vom Himmel hoch da komm ich her" och Chaconne i f-moll, och för Canon och Gigue i D-dur för tre violiner och continuo. Han var också en framstående kompositör av heliga och världsliga vokalverk, inklusive över 200 heliga konserter, många mässor och motetter.