Kalcedon är den vanligaste formen av kryptokristallin kvarts. Termen "kryptokristallin" betyder att kristallerna som bildar mineralet är så små att de inte går att känna igen med blotta ögat och inte heller under ett vanligt mikroskop. När det är närvarande som ett kryptokristallint aggregat i fibrös form blir det ädelstenen känd som krysopras.
Termen Kalcedon används i två specifika fall:för det första för en specifik typ av mikrokristallin struktur som kännetecknas av alternerande fibrösa lager av kryptokristallin kvarts; för det andra, mer allmänt för att beskriva en rad ädelstenar som passar denna beskrivning, inklusive genomskinliga varianter som Agat, Karneol, Krysopras, Jaspis och Onyx, såväl som några ogenomskinliga exemplar.