Albus och Scorpius upptäcker en mystisk tidsvändare och använder den för att resa tillbaka i tiden, oavsiktligt förändra det förflutna och skapa en alternativ tidslinje där Voldemort inte har besegrats och ondskan finns kvar. Albus och Scorpius måste tävla mot tiden för att återställa den ursprungliga tidslinjen och ställa saker till rätta, allt samtidigt som de brottas med sina egna personliga kamper och tyngden av deras familjers arv.
Under hela resan ger sig Albus och Scorpius ut på olika tidsresande äventyr, möter välbekanta karaktärer från den ursprungliga Potter-serien och avslöjar djupa hemligheter och avslöjanden om deras förflutna och identiteter. När de strävar efter att reparera skadan de har orsakat lär de sig den sanna innebörden av vänskap, mod och att möta det förflutna för att forma en bättre framtid.