Efter händelserna i den ursprungliga anime-serien transporteras Mustang till en alternativ verklighet, där han nu är militärofficer i Tyskland. Han förföljs av minnena från sin tid i Amestris och saknar särskilt Hawkeye.
Filmen visar Mustang som kämpar med sitt nya liv och längtar efter sina gamla vänner, speciellt Hawkeye. Han får så småningom reda på att Hawkeye också har transporterats till denna alternativa verklighet och letar efter honom. Han återförenas med Hawkeye i slutet av filmen, och de delar äntligen en stund av lugn efter allt de har gått igenom.