I boken hävdar Clarke att Bush-administrationen ignorerade varningar från underrättelsetjänster om hotet om terrorism, och att denna försumlighet bidrog till attackerna den 11 september. Han kritiserar också administrationens svar på attackerna och menar att krigen i Afghanistan och Irak har gjort USA mindre säkert.
Shady Aftermath har hyllats av vissa för sitt insiderperspektiv på attackerna den 11 september och för sin kritik av Bush-administrationens hantering av terrorism. Men det har också kritiserats av vissa för sin negativa skildring av Bush-administrationen och för sin brist på specifika bevis för att stödja några av sina påståenden.