Matilda står också inför problemet med att hantera den tyranniska rektorn på sin skola, Miss Trunchbull, vars hårda och förtryckande metoder skapar en fientlig miljö för eleverna. Matilda blir fast besluten att stå upp mot henne, med hjälp av hennes extraordinära mentala krafter, inklusive telekines, för att avslöja miss Trunchbulls grymhet och inkompetens och åstadkomma positiva förändringar i skolan.
Ett annat problem hon står inför är att få rättvisa för Miss Honey, en godhjärtad lärare som har blivit dåligt behandlad av Miss Trunchbull. Matildas ansträngningar att hjälpa Miss Honey ledde så småningom till att Miss Trunchbull avlägsnades och en gladare miljö för eleverna på skolan.