Butiken designades av Beatles vän och konstnärliga samarbetspartner, Simon Posthuma, som också designade deras skivomslag och annat reklammaterial. Det var tänkt att vara en återförsäljare för varor relaterade till Beatles och andra artister som är associerade med Apple Records, inklusive kläder, accessoarer och hemartiklar.
Butiken var känd för sin färgglada och psykedeliska inredning, som speglade det sena 1960-talets estetik. Den innehöll också föremål designade av Beatles själva, såsom T-shirts, halsdukar och smycken.
Apple Boutique stod dock inför utmaningar från början, inklusive bristande ledningserfarenhet, ekonomisk misskötsel och konkurrens från andra butiker. Beatles stötte också på svårigheter med hyresavtalet för fastigheten och oenighet mellan dem själva och deras rådgivare om inriktningen av butiken.
Som ett resultat stängde Apple Boutique i augusti 1968 efter bara ett år i drift. Beatles ådrog sig betydande ekonomiska förluster från satsningen och butikens stängning markerade slutet på deras direkta engagemang i detaljhandeln.