I romanen är Fantomen en missbildad man som bär en mask för att dölja sitt ansikte. Han bor i katakomberna under operahuset och använder sitt musikaliska geni för att kontrollera operasångarna och scenarbetarna. Fantomen blir kär i en ung sopran som heter Christine Daaé och blir besatt av henne. Han kidnappar henne och tar henne till sin lya i katakomberna. Christine flyr så småningom från Fantomen, som försvinner in i natten.
Fantomens öde lämnas tvetydigt i romanen. I den franska originalversionen av romanen sägs Fantomen ha hängt sig själv i katakomberna. Men i den engelska översättningen sägs Fantomen ha försvunnit i Paris avlopp.