Gottschalks musik beskrivs ofta som "nationalistisk" eftersom den innehåller inslag av amerikansk folkmusik och populärmusik. Han använde också afroamerikanska spirituals och andra delar av afroamerikansk musik i sina kompositioner. Gottschalks musik kännetecknas ofta av dess användning av synkopering, improvisation och virtuos pianoteknik.
Några av Gottschalks mest kända kompositioner inkluderar "Bamboula", "The Banjo", "The Union" och "The Last Hope". Dessa musikstycken är alla representativa för Gottschalks unika stil och hans engagemang för att skapa en distinkt amerikansk musik.