Detta album anses av många vara Flaming Lips magnum opus. Det är ett konceptalbum som berättar historien om en robot som heter Yoshimi som kämpar mot en ond utomjordisk ras. Albumet är fullt av experimentella ljud och psykedeliska effekter, och det innehåller några av bandets mest ikoniska låtar, som "Do You Realize??" och "Yoshimi slåss mot de rosa robotarna, Pt. 1".
* The Soft Bulletin (1999)
Detta album är en annan Flaming Lips-klassiker. Det är ett mer experimentellt och psykedeliskt album än Yoshimi Battles the Pink Robots, och det innehåller några av bandets vackraste och mest spöklika låtar, som "Race for the Prize" och "Waitin' for a Superman".
* Embryonal (2009)
Detta album är en återgång till Flaming Lips mer experimentella rötter. Det är ett bullrigt, kaotiskt och psykedeliskt album som är fullt av överraskningar. Det är inte för alla, men det är ett måste för fans av experimentell musik.
* I krig med mystikerna (2006)
Det här albumet är ett mer politiskt och socialt medvetet album än Flaming Lips tidigare släpp. Den innehåller sånger om krig, fattigdom och miljöförstöring. Det är ett kraftfullt och gripande album som säkerligen kommer att lämna ett bestående intryck.
* American Head (2006)
Det här albumet är ett mer okomplicerat rockalbum än Flaming Lips tidigare släpp. Den innehåller några av bandets mest medryckande och anthemiska låtar, som "The W.A.N.D." och "Vem älskar du?".