Petrucci har använt Ernie Ball Music Man-gitarrer sedan början av 1990-talet, och hans signaturmodeller är bland de mest populära gitarrerna i världen. Hans signaturmodeller inkluderar John Petrucci Majesty, John Petrucci BFR och John Petrucci JPX.
Ibanez
Petrucci använde även Ibanez-gitarrer på 1980-talet och början av 1990-talet. Hans mest kända Ibanez-gitarr är Ibanez RG550, som han använde på Dream Theaters två första album.
Fender Stratocaster
Petrucci har också använt Fender Stratocaster-gitarrer ibland, särskilt för rena och bluesiga toner.