Låtens text bygger på bilder relaterat till vetenskap och experiment. Huvudpersonen i låten avbildas som en "vetenskapsman" som utför experiment och gör observationer i ett försök att förstå världen omkring dem. De funderar på frågor om tillvarons natur, livets ursprung och universums syfte.
Genom hela låten betonar Coldplay vikten av uthållighet och motståndskraft i jakten på kunskap. Texterna antyder att även när man ställs inför motgångar och misslyckanden är det avgörande att fortsätta söka efter svar och aldrig tappa målet att förstå universum ur sikte.
"Scientist" uttrycker också en känsla av förundran och vördnad över skönheten och komplexiteten i den naturliga världen. Huvudpersonen förundras över universums viddhet, livets intrikata detaljer och mysterierna som förblir olösta. Låten uppmuntrar lyssnare att uppskatta världens underverk och att hitta inspiration i jakten på vetenskaplig kunskap.
I huvudsak hyllar "Scientist" av Coldplay människans önskan efter förståelse och uppmuntrar oss att utforska världen med en känsla av nyfikenhet och förundran. Det tjänar som en påminnelse om vikten av vetenskap och strävan efter kunskap för att forma vår förståelse av universum och vår plats i det.