De tidigaste bevisen för karnatisk musik kan hittas i det gamla tamilska folkets musiktraditioner. De gamla tamilerna utvecklade ett musiksystem som heter Tamizh Isai, som var baserat på sjutonsskalan (Saptha Swaras) och använde olika musikinstrument, inklusive yazh (ett stränginstrument) och kudam (ett slaginstrument). Tamizh Isai användes för religiösa ceremonier och kulturella uppträdanden.
Karnatisk musik utvecklades senare under inflytande av den hinduiska religionen och beskydd av de styrande dynastierna i Sydindien. På 1300-talet uppstod Vijayanagara-riket som ett mäktigt rike i södra Indien och blev ett stort centrum för utvecklingen av karnatisk musik. Vijayanagara-härskarna var stora beskyddare av musik och dans, och de uppmuntrade tillväxten av musikskolor och institutioner. De beställde också kompositionen av många nya musikaliska verk, inklusive kritis, swaras och jathis.
Under 1600- och 1700-talen blomstrade karnatisk musik under Maratha-imperiets och Mysorerikets styre. Maratha-härskarna var stora kännare av musik och dans, och de uppmuntrade tillväxten av karnatisk musik i sina domstolar. Mysore-härskaren Krishnaraja Wodeyar III var en stor beskyddare av musik och dans, och han beställde kompositionen av många nya musikaliska verk.
På 1800-talet kom karnatisk musik i kontakt med västerländsk musik på grund av den brittiska koloniseringen av Indien. Vissa karnatiska musiker började införliva västerländska element i sin musik, såsom användningen av piano och fiol. Men karnatisk musik behöll sin traditionella karaktär och fortsatte att baseras på sjutonsskalan och användningen av ragas och talas.
Idag är karnatisk musik en blomstrande konstform och framförs av musiker över hela världen. Det anses vara ett av de mest sofistikerade och komplexa musiksystemen i världen, och det beundras för sin skönhet, sitt känslomässiga djup och sin andliga betydelse.