* Piano: Han har nämnt att spela piano i intervjuer och har till och med uppträtt på det i några av sina roller.
* Gitarr: Han har setts spela gitarr i några av sina tv-framträdanden och har till och med uppträtt med ett band.
* Trummor: Han har visat upp sina trumkunskaper i några framträdanden.
* Ukulele: Han har en ukulele i sitt hem och har visat intresse för att lära sig den.
Även om han inte är en professionell musiker, verkar Neil Patrick Harris tycka om att spela olika instrument för skojs skull och har till och med införlivat dem i sitt arbete.