En flöjts klangfärg bestäms av ett antal faktorer, inklusive materialen som används för att tillverka instrumentet, instrumentets design och sättet på vilket det spelas. Flöjter är vanligtvis gjorda av trä eller metall, och de olika materialen ger olika klangfärger. Träflöjter har ett varmare, mjukare ljud, medan metallflöjter har ett ljusare, mer genomträngande ljud. Även flöjtens utformning påverkar dess klangfärg. Till exempel har flöjter med ett större hål ett mörkare, mer resonant ljud, medan flöjter med ett mindre hål har ett ljusare, mer fokuserat ljud. Sättet på vilket en flöjt spelas påverkar också dess klangfärg. Till exempel kan spelare använda olika embouchures (det sätt på vilket de formar sina läppar) för att producera olika ljud. Spelare kan också använda olika artikulationstekniker (sättet på vilket de startar och stoppar toner) för att producera olika effekter.
En flöjts klangfärg är en viktig del av dess musikaliska identitet. Det är det som ger flöjten dess unika sound och som gör den till ett så mångsidigt instrument. Flöjter används i en mängd olika musikgenrer, från klassiskt till jazz till rock.