- Orkestermusik:
- Brandenburger konserter (1721)
- Orkestersviter (1720-1723)
- Violinkonserter (1717-1723)
- Keyboardmusik:
- The Well-tempered Clavier (1722, 1744)
- Goldberg-variationer (1741)
- Franska sviter (1722-1725)
- Uppfinningar och sinfonier (1723)
- Orgelmusik:
- Toccata och fuga i d-moll (ca 1703-1707)
- Passacaglia och fuga i c-moll (ca 1708)
- Preludium och fuga i G-dur (ca 1730-1735)
- Sångmusik:
- Matteuspassionen (1727)
- St John Passion (1724)
- Magnificat (1723)
- Juloratoriet (1734-1735)
- Andra verk:
- Das Musikalische Opfer (The Musical Offering) (1747)
- Konsten att fuga (ca 1749-1750)
- Kantater (över 200)
- Mässor (6)