Enligt bandets hemsida:"Namnet "Trans-Siberian Orchestra" var en idé av textförfattaren och kompositören Paul O'Neill. Paul föreställde sig bandet som ett musiktåg som reser över världen, förenar kulturer och sprider semesterglädje. Siberian" delen av namnet anspelar på vintertemat eftersom tåget skulle fyllas med musiker som framför semesterklassiker från hela världen. "Trans"-delen hänvisar inte bara till orkesterns internationella resa, utan också till dess förmåga att överskrida musikaliska gränser ."
Detta är troligen det fiktiva ursprunget till bandets namn, men andra källor krediterar att namnet kommer från Trans-Siberian Railway, som är den längsta järnvägslinjen i världen. Järnvägen passerar genom åtta tidszoner och förbinder Moskva med Vladivostok. Den transsibiriska järnvägen används ofta som en symbol för Rysslands vidd och mångfald, och det är möjligt att bandets namn är en referens till detta.