Låten börjar med raderna "Titta på stjärnorna, se hur de lyser för dig / Och alla de saker du gör", vilket tyder på en känsla av förundran och uppskattning för livets skönhet. Men stämningen övergår snabbt till en melankoli när sångaren reflekterar över tidens gång:"Klockan tickar, den tickar iväg / Och solen går ner och natten kommer."
Refrängen uttrycker en längtan efter det förflutna och en önskan att hålla fast vid omhuldade stunder:"I feel like I'm on fire, everything's on fire / Wanna get up, wanna get out, wanna get home / Wherever that is." Sångaren längtar efter att fly tidens obevekliga framåtmarsch och återvända till en enklare, lyckligare tid.
Den andra versen utforskar temat att söka efter mening med livet:"Jag söker efter något jag inte kan hitta / Och jag håller fast vid allt jag kan / För att komma till toppen av berget, nå toppen av berget / Och jag känner att jag drunknar i havet." Sångaren känner sig vilsen och drivande, griper desperat efter något att hålla fast vid i en värld som verkar överväldigande och osäker.
Bron ger en strimma av hopp, där sångaren uttrycker en önskan att få kontakt med andra och finna tröst i deras närvaro:"Jag vill ha dig här, jag vill ha dig nära / jag vill slå mina armar runt dig nu." Detta tyder på en längtan efter mänsklig anknytning och behovet av stöd och sällskap inför livets utmaningar.
Låten avslutas med en upprepad refräng av "Look at the stars, look how they shine for you", som ekar de inledande raderna men med en nyfunnen känsla av acceptans och förståelse. Sångaren tycks ha kommit överens med tidens gång och livets förgänglighet, hitta tröst i natthimlens skönhet och stjärnornas bestående närvaro.
Sammantaget är "Clocks" en gripande och reflekterande sång om de universella mänskliga erfarenheterna av förlust, längtan och sökandet efter mening med livet. Den fångar tillvarons bitterljuvhet, erkänner smärtan och ångern över tidens gång samtidigt som den firar skönheten och underverket i livets resa.