Texterna beskriver en virvelvind romans som verkade perfekt till en början, men som snart avslöjade sin mörka sida. Berättaren sjunger om hur hon visste att det fanns röda flaggor från början, men ignorerade dem på grund av de intensiva känslor hon hade för den här personen.
Genom hela låten använder Swift metaforiskt språk och bildspråk för att förmedla den känslomässiga turbulensen i förhållandet. Hon jämför sin kärlek med en "crimson förbannelse" och en "drog" som hon var beroende av, trots att hon visste att det var skadligt.
Refrängen understryker berättarens insikt om att hon var i över huvudet och borde ha sett besväret komma:"Jag visste att du var problem när du gick in, så skam mig nu."
Sångens brygga byggs upp till en klimax när berättaren uttrycker sin frustration och ilska och önskar att hon kunde gå tillbaka och ångra sitt beslut att engagera sig i den här personen. Hon inser att hon lät sig förblindas av sina känslor och betalade priset för det.
Den sista refrängen upprepar låtens huvudbudskap, vilket förstärker tanken att berättaren visste att hennes kärlek var orolig men ändå tillät sig själv att fastna i den.
Sammantaget fungerar "I Knew You Were Trouble" som en varnande berättelse om farorna med att ignorera röda flaggor och ge in intensiva känslor i ett förhållande, vilket leder till slutligen hjärtesorg och ånger.