Låten börjar med att Gerard sjunger om sin mammas styrka och motståndskraft och beskriver hur hon uppfostrade honom och hans bror Mikey på egen hand efter deras föräldrars skilsmässa. Han tackar henne för hennes ovillkorliga kärlek och stöd, och för att hon lärde honom att vara stark och oberoende.
När låten fortskrider öppnar Gerard upp om sina känslor av sorg och saknad efter sin mammas bortgång. Han sjunger om hur mycket han saknar henne, och hur han önskar att han kunde ha spenderat mer tid med henne. Han uttrycker också sin skuld över att inte kunna rädda henne från hennes sjukdom.
Trots smärtan och sorgen hyllar låten till slut Donna Lee Ways liv och kärlek. Gerard sjunger om hur hon alltid kommer att finnas i hans hjärta, och hur hennes ande kommer att fortsätta att vägleda honom genom hans liv.
Musikvideon till "Mama" innehåller hemmavideor och fotografier av Gerard och Mikey med sin mamma, samt filmer från deras barndom. Det ger en visuell representation av det nära bandet mellan Gerard och Donna, och det hjälper till att ge låtens text liv.
Sammantaget är "Mama" en kraftfull och känslosam låt som uttrycker den djupa kärlek och beundran som Gerard Way hade för sin mamma. Det är en sång om sorg, saknad och kärlekens bestående kraft.