Allmän betydelse
Många tror att spåret handlar om exploatering, materialism, pengar och kommersifiering av musik och konst. Texterna antyder en berättare som är besviken på de ytliga och kommersiella aspekterna av samhället och känner sig fångad av de förväntningar och krav som ställs på honom. Låtens repetitiva refräng, "Sliver of silver in the sand, pick it up, pick it up", kan representera en önskan att hämta något av värde men i slutändan bara hitta tomheten.
Bibliska referenser
Vissa människor tror att sången innehåller religiös symbolik, särskilt ur Judas perspektiv. Den inledande texten "Jag fick den här känslan", skulle kunna referera till berättelsen om Jesus som ber i Getsemane trädgård, dit Judas anländer med en skara soldater för att arrestera Jesus. Det "silvret" som nämns kunde syfta på de trettio silvermynt Judas fick för att han förrådde Jesus.
Personliga upplevelser
Kurt Cobain, bandets sångare och låtskrivare, hämtade ofta inspiration från sitt eget liv och personliga kamp i sin musik. "Heart-Shaped Box" kan också spegla Cobains egna erfarenheter av drogberoende och depression, samt pressen han kände från musikbranschen och mediauppmärksamhet.
Tolkning beror på lyssnaren
Det fina med konst och musik är att tolkningen av den är individuell och subjektiv. Det ultimata budskapet i "Heart Shaped Box" är öppet för tolkning och kan variera beroende på den enskilda lyssnarens perspektiv och erfarenheter.