* Rex Goodwin: Ledaren för Dark Signers och seriens huvudantagonist.
* Devack: Den första Dark Signer som dök upp, och en tidigare vän till Yusei Fudo.
* Roman Goodwin: Rex bror, och den andra Dark Signer som dyker upp.
* Kalinin: En rysk mörktecknare som använder ett mörkt kort för att manipulera andra.
* Dimmigt: En mystisk kvinna som dyker upp som den femte mörkertecknaren.
* Z-one: En kraftfull varelse från framtiden som orkestrerar händelserna i serien. Han är tekniskt sett ingen Dark Signer, men han har en stark koppling till dem.
* Antinomi: En gåtfull figur som dyker upp tillsammans med Z-one, och som också är kopplad till Dark Signers.
Det är viktigt att notera att medan Dark Signers är de primära antagonisterna, är Z-one och Antinomy mer komplexa karaktärer med sina egna motiv.