Brunos far befordras till kommendant i Auschwitz och familjen flyttar till koncentrationslägret. Bruno är förvirrad och upprörd över förändringarna i hans liv. Han förstår inte varför han måste lämna sina vänner och hemmet bakom sig, och han förstår inte vad som händer med människorna i koncentrationslägret.
Bruno träffar Shmuel.
En dag utforskar Bruno koncentrationslägrets område när han ser en ung pojke på andra sidan stängslet. Pojken har en randig pyjamas på sig och ser väldigt ledsen ut. Bruno börjar prata med pojken och de blir vänner. Shmuel berättar för Bruno om sitt liv i koncentrationslägret, och Bruno börjar förstå fasorna med vad som händer.
Bruno smyger in i koncentrationslägret.
En dag bestämmer sig Bruno för att smyga in i koncentrationslägret för att besöka Shmuel. Han tar på sig ett par randiga pyjamasar och smyger genom staketet. Bruno hittar Shmuel och de tillbringar dagen tillsammans. De spelar spel, pratar och skrattar. Bruno inser att även i de mörkaste tiderna finns det fortfarande hopp.
Bruno och Shmuel dödas.
Dagen efter fångas Bruno och Shmuel av nazisterna. De förs till ett rum och får en dödlig injektion. Bruno och Shmuel dör tillsammans, och deras kroppar bränns i krematoriet.
Pojken i den randiga pyjamasen är en kraftfull och gripande berättelse om Förintelsen. Det är en berättelse om vänskap, oskuld och hoppets kraft.