I den här serien transporteras huvudpersonen Mikey Kudo och hans vänner till den digitala världen och blir knutna till Digimon-partners. Men istället för att omvandlas direkt, blir de "fusade" med sin Digimon, vilket resulterar i en hybridform mellan människa och Digimon som kallas "Fusion Fighters". Detta gör att de kan använda Digimons förmågor och slåss tillsammans med dem.
Serien utforskar teman som vänskap, lagarbete och att övervinna utmaningar samtidigt som man navigerar i farorna med den digitala världen.