Allt eftersom serien fortskrider får flickorna mystiska meddelanden och hot från "A", som verkar känna till varje rörelse och hemlighet. De börjar misstänka alla omkring dem, inklusive deras vänner, familjemedlemmar och till och med varandra. Flickorna måste arbeta tillsammans för att avslöja identiteten för "A" och stoppa deras plåga, allt samtidigt som de hanterar sina egna personliga problem och hemligheter.
"Pretty Little Liars" utforskar teman som vänskap, svek, hemligheter och identitet, när tjejerna navigerar sig igenom dramat och mysterierna som omger dem. Serien innehåller också olika romantiska relationer, familjedynamik och vändningar som får publiken att gissa ända till slutet.