Hon lämnar gruppen i slutet av Johto-sagan (runt slutet av Pokémon Gold and Silver-anime) och dyker inte upp igen förrän i början av Sinnoh-sagan (runt början av Pokemon Diamond and Pearl-animen).
Även om det finns några få fall av att Misty dyker upp i Hoenn-animen i flashbacks eller omnämnanden, besöker hon aldrig fysiskt regionen i huvudhistorien.