- Moral och nytta (1891):I den här boken hävdar Thomson att moral är baserad på nytta, eller principen om att maximera lycka och minimera smärta. Han försvarar denna ståndpunkt mot olika kritik, inklusive anklagelsen att den leder till egoism och att den inte kan redogöra för den moraliska betydelsen av vissa handlingar.
- The utilitarian Theory of Law (1893):I detta arbete tillämpar Thomson principen om nytta på rättsfilosofin. Han argumenterar för att lagen bör utformas för att främja största lyckan för det största antalet människor, och att denna princip bör användas för att tolka och utvärdera juridiska regler och beslut.
- Politisk etik (1895):I den här boken diskuterar Thomson de etiska grunderna för politiska institutioner. Han hävdar att staten är motiverad som ett medel för att främja människors välbefinnande, och att den bästa formen av regering är den som mest effektivt uppnår detta mål.
- Ondskans problem (1910):I detta verk tar Thomson upp frågan om varför det finns ondska i världen om Gud finns. Han hävdar att ondska inte är oförenlig med existensen av en välvillig Gud, och att den kan förklaras av principen om fri vilja och människans ändliga natur.
- Historia om antikens filosofi (1921):Denna bok ger en omfattande översikt av filosofins historia från de gamla grekerna till medeltiden. Thomson diskuterar de stora filosoferna och filosofiska rörelserna under denna period och analyserar deras bidrag till filosofin.
Detta är bara några av de verk som skrivits av Francis Paul Thompson. Han var en produktiv författare och hans verk har haft ett betydande inflytande på utvecklingen av moralisk och politisk filosofi.