* New-Englands Plantation (1630)
* Guds sak och hans folk i New-England (1663)
* The Deplorable State of New-England (1662)
* The Works of John Higginson (2 vol., 1971-1973)
Predikningar
* En avskedspredikan (1663)
* En predikan vid prästvigningen av Mr. Samuel Willard (1670)
* En predikan vid prästvigningen av Mr. Increase Mather (1684)
* En predikan vid prästvigningen av Mr. Cotton Mather (1685)
Andra skrifter
* Ett brev till Kristi kyrka i Charlestown (1669)
* Ett svar på svaret från de äldste i New-Englands kyrkor (1664)
* A Vindication of the New-England Churches (1669)