Medan Master Ball är en stapelvara i de flesta Pokemon-spel, är den särskilt frånvarande från Pokemon Colosseum och dess uppföljare, Pokemon XD:Gale of Darkness. Detta beslut togs sannolikt för att betona spelets fokus på att fånga Pokémon genom att använda "Snap"-systemet, vilket innebär att försvaga Pokémons beslutsamhet snarare än att bara slå ut dem.
Avsaknaden av en Master Ball i Colosseum och XD bidrar till spelets unika utmaning och uppmuntrar spelare att bemästra konsten att fånga Pokémon utan hjälp av detta överväldigade föremål.