I spelet väljer du din startpokémon från ett urval av tre:
* Chimchar (brand)
* Turtwig (gräs)
* Piplup (vatten)
Spelet tillåter dig inte att välja andra Pokémon, inklusive Totodile, som din startpartner.
Det finns dock sätt att möta och interagera med Totodile i spelet:
* Rekrytering: Du kan möta Totodile under dina äventyr och potentiellt rekrytera den till ditt team, precis som alla andra Pokémons.
* Handel: Du kan byta Pokémon med andra spelare online eller via lokal trådlös anslutning, vilket kan göra att du kan skaffa en Totodile.
* Specialevenemang: Det kan finnas evenemang i begränsad tid eller nedladdningsbart innehåll som introducerar nya Pokémon, inklusive Totodile.
För att spela som Totodile måste du leta efter andra Pokémon Mystery Dungeon-spel eller innehåll som skapats av fans.