Så här fungerar Shadow Pokémon-systemet i Xenogears:
1. Svimma en Shadow Pokémon: Du kan svimma av Shadow Pokémon i strider, precis som alla andra fiender. Detta "fångar" dem faktiskt inte.
2. Den sanna innebörden av "Fånga": Handlingen att "fånga" en Shadow Pokémon i Xenogears innebär att besegra dem i strid och sedan absorbera deras energi och minnen i dina egna karaktärer . Detta görs genom att använda "Fånga"-förmågan , som är tillgänglig för vissa karaktärer.
3. Förmågan att fånga: "Fånga"-förmågan är inte något du lär dig eller köper; det är en del av karaktärens inneboende förmågor. När en karaktär kan använda "Capture"-förmågan, kommer du att kunna se ett speciellt kommando under strid efter att ha besegrat en Shadow Pokémon. Genom att använda detta kommando kan du absorbera deras energi och minnen.
Därför kan du inte "fånga" en svimmad Shadow Pokémon igen. När du väl har besegrat en Shadow Pokémon absorberar du dem antingen (genom Capture) eller så är de borta för alltid.
Speldesignerna valde sannolikt detta system för att betona de teman som förlust, uppoffring och kampen mot mörkret som är centrala i Xenogears berättelse.