1. Dialga kommer att släppa de Time Gears han hade absorberat, vilket återställer tidsflödet till det normala.
2. Spelaren och deras partner kommer att återvända till Treasure Town.
3. Dialga kommer att dyka upp och förklara för spelaren och deras partner att hans handlingar var nödvändiga för att förhindra en större katastrof. Han avslöjar att en kraft känd som "Dark Matter" har manipulerat tiden och orsakat olika förvrängningar och fel i världen.
4. Dialga ger spelaren och deras partner uppdraget att stoppa mörk materia.
5. Efter det här samtalet kommer berättelsen att fortsätta med att spelaren och deras partner utforskar fängelsehålor, slåss mot Pokémon och rekryterar nya lagmedlemmar medan de arbetar för att avslöja sanningen bakom Dark Matter och sätta stopp för dess skändliga planer.