Spelets historia kretsar kring "Eggman Empire" en grupp robotar och monster som kontrolleras av Dr. Eggman. Detta imperium består av olika "Eggman-minions", var och en med unika förmågor och utseenden.
Medan några av dessa hantlangare, som "Äggbonden" och "Ägghornet" är bekanta, andra är mer mystiska. De som oftast kallas "mysteriemonster" inkluderar:
* "Ägg Cerberus": En trehövdad hundliknande robot med en kraftfull borrmaskin.
* "Ägggolem": En massiv, långsamtgående robot med en stor hammare.
* "Äggkung": En gigantisk, tronliknande robot med kraftfulla lasrar.
Det här är bara några exempel, och många andra unika och namnlösa robotar och monster dyker upp genom hela spelet, vilket ökar mysteriet och intrigen.
Så även om det inte finns ett enda "mysteriemonster", bidrar den kollektiva närvaron av dessa unika och spännande karaktärer till den fängslande och mystiska atmosfären hos Sonic Heroes.