Det finns två huvudkammare:
* Skuggkammaren: Det är här du möter Shadow Pokémon för första gången. Du måste bekämpa dem för att rena dem.
* Mörkrets kammare: Detta är den sista kammaren där du möter den sista bossen, ledaren för Shadow Pokémon. Det är tillgängligt efter att ha slutfört vissa uppgifter och renat flera Shadow Pokémon.
Den exakta platsen inom Shadow Pokémon Facility anges inte i spelet, men den finns vanligtvis djupare i anläggningen efter att du kommit igenom berättelsen.