Det finns en scen där han grips av GUN (Guardian Units of Nations), men han är senare frisläppt efter att ha bevisat sin oskuld och hjälpt till att stoppa skurken, Shadow.
Det är viktigt att notera att konceptet "fängelse" för en karaktär som Sonic, som är supersnabb och kapabel att trotsa gravitationen, inte riktigt är vettigt i sammanhanget av Sonic-universumet.