Filmens handling fokuserar på upptäckten av Arken, ett gömt rymdskepp som innehåller ett kraftfullt vapen, och den efterföljande striden mot Decepticons. De mänskliga karaktärerna är mest fokuserade på Sam Witwicky (Shia LaBeouf) och hans nya flickvän, Carly Spencer (Rosie Huntington-Whiteley).
Även om den officiella orsaken till Megan Fox frånvaro inte offentliggjordes, är det en allmän uppfattning att hennes avgång berodde på kreativa skillnader med regissören Michael Bay. Det uppges ha varit spänningar mellan Fox och Bay under produktionen av Transformers:Revenge of the Fallen (2009).
Trots hennes frånvaro tas inte Mikaelas öde upp uttryckligen i filmen. Det antyds att hon och Sam har gått skilda vägar.