Genom hela boken inträffar mystiska förstenningar av mugglarfödda elever på Hogwarts område, vilket gör dem frusna som stenstatyer. Harry, tillsammans med sina bästa vänner Ron Weasley och Hermione Granger, ger sig ut för att lösa mysteriet med dessa attacker och förhindra ytterligare skada på sina medstudenter.
Spåret leder Harry och hans vänner till olika utmaningar och upptäckter, inklusive att dechiffrera gåtor och möta magiska hinder och fällor, när de tävlar mot tiden för att lösa mysteriet som involverar Hemligheternas kammare. Till slut möter Harry Slytherins arvtagare och varelsen gömd i kammaren, vilket leder till en sista spännande konfrontation mitt i farliga magiska faror.