Några av de viktigaste skillnaderna mellan manga och anime inkluderar:
* Ordningen av händelserna är annorlunda. I mangan händer vissa händelser tidigare eller senare än de gör i animen. Till exempel i mangan träffar Teito Klein Frau i det första kapitlet, medan de i animen inte träffas förrän avsnitt 8.
* Vissa tecken är olika. I mangan finns det vissa karaktärer som inte förekommer i animen, och vissa karaktärer som förekommer i animen förekommer inte i mangan. Till exempel visas inte karaktären av Ceres i manga, medan karaktären av Mikage inte visas i anime.
* Slutet är annorlunda. Manga och anime har olika slut. I mangan slutar Teito Kleins och Fraus resa annorlunda än i animen.
Sammantaget är 07-Ghost manga och anime två distinkta och separata tolkningar av samma historia. Även om de delar vissa likheter, finns det också många skillnader mellan de två versionerna.