Det finns 25 olika naturer i spelet, var och en med sina egna positiva och negativa effekter på specifik statistik. Till exempel har en Pokémon med en Hardy Nature inga statistiska justeringar, medan en med en Jolly Nature har en ökning av sin hastighet och en minskning av sin Special Attack.
Att förstå och hantera naturen är avgörande för att bygga ett effektivt Pokémon-team, eftersom de kan påverka Pokémons övergripande styrkor och svagheter. Spelare kan möta och rekrytera Pokémon med specifika naturer medan de utforskar fängelsehålor eller genom att använda Wonder Mail-funktionen för att få kontakt med andra spelare.