Försvinnandet har tillskrivits utseendet på en mystisk skuggfigur känd som "Darkrai", som tros vara ansvarig för den försvinnande Pokémon. Den sanna orsaken till försvinnandet är dock fortfarande ett mysterium, och Pokémon Rangers har till uppgift att undersöka och avslöja sanningen bakom denna extraordinära händelse.