* Dark Magician Girl är ett kort från originalet Yu-Gi-Oh! serien, och den finns inte med i spelet från GX-eran.
* Yu-Gi-Oh! GX Spirit Caller DS fokuserar på karaktärerna och korten från Yu-Gi-Oh! GX anime och manga serier.
Även om Dark Magician Girl är ett populärt och ikoniskt kort, ingick det inte i det här spelet.