När ett Wonder Card används kommer det att öppna en speciell meny där spelare kan välja evenemanget eller Mystery Gift de vill komma åt. Händelser kan inkludera speciella Pokémon-utdelningar eller utmaningar, medan Mystery Gifts kan inkludera föremål, Pokémon eller andra belöningar.
För att kunna använda ett Wonder Card måste spelare se till att deras Nintendo DS är ansluten till internet eller har en lokal trådlös anslutning upprättad. När de är anslutna kan de välja Wonder Card från sitt lager och aktivera det för att komma åt tillhörande händelse eller Mystery Gift.
Det är värt att notera att Wonder Cards endast var tillgängliga under en viss tidsperiod och för vissa evenemang eller distributioner. Vissa Wonder Cards kan ha gått ut eller kanske inte längre är tillgängliga, så det är alltid en bra idé att kontrollera händelseinformationen och tillgängligheten innan du försöker använda ett specifikt Wonder Card.